淮安研究院是南京农业大学和淮安市人民政府共建的集现代农业技术研发、集成、示范、推广、服务与培训为一体的自收自支事业单位，成立于2013年2月7日。坐落在淮安市淮安智慧谷内，拥有实验中心2000平方米，办公场地1295平方米。以“立足淮安促经济，服务江苏增效益，影响全国创声誉”为理念，以国内领先技术为支撑，打造国内外具有一定影响力的涉农产业综合性研发机构。涉及现代农业领域方方面面，为政府、企业发展出谋划策。

自2013年2月研究院建设8年来，在淮安设有1295平方米的办公、学习和培训场所，为学校师生赴淮办公、学习和开展培训提供了良好平台；拥有2000平方米的实验中心，3500平方米试验猪场，以畜禽健康养殖产业链建设为中心内容的集研发、检测和对外服务为一体的实验平台，相关实验设备已投入约800万元，设施设备完善，可以为研究人员开展科学研究、检测和对外服务工作提供强有力的条件保障。2018年7月获得省级CMA检测资质。2019年1月获得非洲猪瘟独立检测资质。2020年8月获得省犬猫检验检测资质。

在淮安研究院稳步发展基础上，2015年南京农业大学和淮安市政府合作在白马湖森林公园内建设南京农业大学白马湖菊花基地，于2016年正式投入运营。整个基地占地600余亩，菊花展示区域150余亩，梅花展示区域150余亩；建有24000平米的智能玻璃温室和各类温控、光控、灌排等设施设备，3000多平米研发中心，内配备有科研实验、办公、生活住宿等设施条件，是国內面积最大、品种最全的菊花种质资源保存和新品种研发基地,也是国內设施和技术一流的菊花生产示范基地和菊花文化、菊花产品展示中心。

同时，研究院在淮安市淮阴区、金湖县吕良镇、前锋镇建成3个优质稻麦研发和展示基地，开展优质稻麦相关新品种、新技术研发、展示与推广，基地累计面积410亩；此外，还在盱眙县建成水稻-小龙虾-匙吻鲟种养模式推广展示基地200亩，开展稻虾鱼混合养殖技术和模式推广。