南京农业大学海门山羊产业研究院成立于2021年5月31日，是在前期南京农业大学海门山羊研发中心基础上，经南京农业大学与南通市海门区人民政府协商共建的海门山羊特色研究院。现聚集了包括山羊育种繁殖、营养饲料、环境控制、人工智能等多学科的专家团队，充分利用海门资源优势和南京农业大学科教优势，围绕海门山羊进行产学研深度合作。南京农业大学王锋教授团队以协助农村农业部“一县一业”样板县落户海门为契机，以南京农业大学海门山羊产业研究院为平台，努力以海门为中心，辐射带动启东、太仓等区域，打造我国南方地区肉羊发展特色片区。

自海门山羊产业研究院建设以来，已有1200平方米的实验中心，设有山羊分子育种实验室、营养饲料实验室、胚胎实验室和细胞实验室等，拥有试验仪器总价值200多万元，同时有1000平方米的办公生活区和占地30亩的示范羊场。