昆山蔬菜产业研究院在2014年经南京农业大学批准设立，由南京农业大学和昆山市农业农村局共建，依托昆山市优来谷成科创中心（昆山市玉叶智慧农业产业园）运行，同时列入南京农业大学特色产业基地。研究院以蔬菜产业发展为目标，确定产业技术研发、科技成果示范，复合人才培养和农业技术培训四大功能，将学校科技和人才优势，与地方资源和产业优势相结合，既为昆山蔬菜产业发展解决技术难题，又为学校人才培养提供条件，成为蔬菜产业技术研发和示范推广基地，现代蔬菜技术培训和人才培养的平台。

自昆山蔬菜产业研究院建设6年来，通过不断建设，研究院各类生产设施完善，建有连片防虫网设施、连栋大棚设施125亩，配套水肥一体化喷滴灌系统，建有1800平米鲜活农产品直配中心，2000平米农业综合研究与培训中心，其中包括理化分析实验室和农残检测实验室120平米，配备了办公室、资料室、活动室、宿舍等学习和生活设施。新基地（昆山市玉叶智慧农业产业园）于2018年开始规划，一期工程在2020年开始施工，主要建设9460-型智能现代温室8192平米、1246-型智能连栋温室50528平米、加工物流中心6000平米，配套建设道路、泵站、给排水、雨水收集等设施。